11月12日，谷歌低調(diào)開源了蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)模型AlphaFold-3，供非商業(yè)用途使用。就在上個(gè)月，憑借這一研究，戴米斯·哈薩比斯（Demis Hassabis）和約翰·江珀（John M.Jumper）拿下了諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)，哈薩比斯是谷歌旗下AI團(tuán)隊(duì) DeepMind的聯(lián)合創(chuàng)始人兼CEO，江珀也是DeepMind成員。

谷歌本次開源AlphaFold-3模型較為低調(diào)，官網(wǎng)并沒有發(fā)布新聞，只在5月發(fā)布的新聞稿開頭加入了一小段文字說明：“2024年11月11日更新，我們已發(fā)布了AlphaFold-3的模型代碼和權(quán)重供學(xué)術(shù)用途，以幫助推動(dòng)科學(xué)研究。”

科學(xué)期刊《Nature》對(duì)于AlphaFold-3的開源發(fā)文進(jìn)行了重磅推薦，稱這將對(duì)全球科研領(lǐng)域產(chǎn)生重大影響，生物、化學(xué)、醫(yī)藥的科學(xué)家們可以在本地部署AlphaFold-3，可以極限縮短新藥、疫苗等研發(fā)進(jìn)程。這也意味著，來自生物醫(yī)藥各個(gè)領(lǐng)域的研究者可以免費(fèi)下載模型代碼，自行運(yùn)行該模型以開展藥物研發(fā)工作。

AlphaFold是用于預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的復(fù)雜結(jié)構(gòu)的系列模型，而AlphaFold-3是今年5月DeepMind推出的最新版本，其進(jìn)步在于，除了能根據(jù)氨基酸序列預(yù)測(cè)蛋白結(jié)構(gòu)，還可以預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)與其它生物分子（包括DNA、RNA等）相互作用產(chǎn)生的復(fù)合體的結(jié)構(gòu)。

在藥物研發(fā)領(lǐng)域，AlphaFold-3可以幫助研究人員快速篩選潛在的藥物靶點(diǎn)，通過預(yù)測(cè)靶點(diǎn)蛋白的結(jié)構(gòu)，揭示其可能的活性位點(diǎn)和結(jié)合位點(diǎn)，為藥物設(shè)計(jì)提供重要的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)。在藥物分子設(shè)計(jì)階段，AlphaFold-3能夠預(yù)測(cè)藥物分子與靶點(diǎn)蛋白的結(jié)合模式，評(píng)估藥物分子的親和力和特異性，從而指導(dǎo)藥物化學(xué)家進(jìn)行分子優(yōu)化，提高藥物的療效和安全性。

華大基因旗下科普教育平臺(tái)愛博物聯(lián)合創(chuàng)始人、科普作家冷哲此前對(duì)第一財(cái)經(jīng)表示，DeepMind的AlphaFold揭開了生命科學(xué)領(lǐng)域飛躍的一個(gè)序幕，AlphaFold的出現(xiàn)扭轉(zhuǎn)了大家對(duì)于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)不可預(yù)測(cè)的一個(gè)刻板印象，甚至當(dāng)時(shí)一度傳出來結(jié)構(gòu)生物學(xué)從業(yè)者要失業(yè)的評(píng)價(jià)。

這還只是一個(gè)簡單的開端，冷哲表示，當(dāng)看到有學(xué)者嘗試用AlphaFold-2來逆向設(shè)計(jì)工程蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的時(shí)候，“忽然覺得，生物工程，或者叫蛋白質(zhì)工程學(xué)的春天終于到來了。”

現(xiàn)在的蛋白質(zhì)工程學(xué)從“discovery”走到了“design”的階段，也就是說，行業(yè)可以運(yùn)用AI去設(shè)計(jì)一個(gè)耐高溫、耐低溫、發(fā)各種顏色的光，或者去靶向各種癌細(xì)胞，去治療人類的各種疾病。“雖然現(xiàn)在能做的還不多，但這是0和1的本質(zhì)上的區(qū)別。”冷哲認(rèn)為，未來AI for Science，已經(jīng)是不可阻擋的趨勢(shì)了。

雖然AlphaFold-3具有劃時(shí)代的意義，但此前谷歌并未完全開源給科學(xué)界使用。彼時(shí)官方表示，全球科學(xué)家可以通過AlphaFold服務(wù)器免費(fèi)訪問使用AlphaFold-3進(jìn)行非商業(yè)研究（開放大部分功能），但限制在每天10次預(yù)測(cè)，且不能獲得可能與藥物結(jié)合的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，這種使用方式缺失了很多自由度。

如今半年過去，谷歌終于開源了AlphaFold-3模型，任何人都可以下載AlphaFold-3軟件代碼并進(jìn)行非商業(yè)使用，但目前模型權(quán)重需要有學(xué)術(shù)背景的科學(xué)家單獨(dú)申請(qǐng)，并填寫表單，能否通過的決定權(quán)在DeepMind手中。